Obsah GC
Obsah GC či množství GC (z anglického GC-content) je podíl guanino-cytosinového komplementárního páru (GC), typicky v rámci určité DNA. Zbylými bázemi jsou adenin (A) a thymin (T), a tak AT pár v daném genomu logicky činí zbytek do sta procent.[1] Podíl GC vazeb však standardně bývá vyšší než podíl AT vazeb.
Guanin se váže na cytosin, podobně jako adenin na thymin. Vazba mezi G a C má tři vodíkové vazby (na rozdíl od AT vazby, která má dvě), díky čemuž je GC vazba odolnější vůči vysoké teplotě.[2] Dříve se kvůli tomu mělo za to, že vyšší obsah GC mají termofilní organismy, což však bylo vyvráceno.[3]
Výpočet obsahu GC
editovatObsah GC se udává zejména v procentech, méně často jako poměr (tzv. G+C ratio). Výpočet obsahu GC se provádí pomocí vzorce:[4]
G+C poměr spočítáme jako:[5]
Využití
editovatObsah GC bází je velmi variabilní nejen na úrovni druhů, ale i v rámci jediného genomu. Některé oblasti mají vyšší obsah GC, některé nižší. Geny často mají vyšší obsah GC bází.[6]
Na úrovni jednotlivých taxonomických skupin, jako jsou například kmeny bakterií, se využívá často obsahu GC pro definici jednotlivých skupin. V systematice bakterií například kmen Actinobacteria je charakterizován jako kmen bakterií s vysokým obsahem GC.[7]
Například bakterie Streptomyces coelicolor A3(2) má obsah GC 72 %.[8], kvasinka Saccharomyces cerevisiae 38 %,[9] a rostlina huseníček rolní (Arabidopsis thaliana) 36 %.[10] Hodnoty blížící se 0 % a 100 % jsou kvůli informační povaze jednotlivých bází nereálné. Velmi nízký obsah GC má například Plasmodium falciparum, a to asi 20 %.[11][12]
Reference
editovatV tomto článku byl použit překlad textu z článku GC-content na anglické Wikipedii.
- ↑ Definition of GC – content on CancerWeb of Newcastle University,UK
- ↑ Freidfelder D. Microbial Genetics. [s.l.]: Jones and Barlett Publishers, 1990. (1st ed.).
- ↑ Hurst, LD. and Merchant, AR. High Guanine-Cytosine Content is Not an Adaptation to High Temperature: A Comparative Analysis amongst Prokaryotes Proceedings: Biological Sciences, 268(466) 493-497, 2001.
- ↑ Madigan,MT. and Martinko JM. Brock biology of microorganisms. [s.l.]: Pearson-Prentice Hall, 2003. (10th ed.). ISBN 84-205-3679-2.
- ↑ Definition of GC-ratio on Northwestern University, IL, USA. www.biochem.northwestern.edu [online]. [cit. 2008-06-24]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2010-06-20.
- ↑ Bernardi, G., Isochores and the evolutionary genomics of vertebrates, Gene, 241:3-17, 2000.
- ↑ Taxonomy browser on NCBI
- ↑ Whole genome data of "Streptomyces coelicolor" A3(2) on NCBI
- ↑ Whole genome data of Saccharomyces cerevisiae on NCBI
- ↑ Whole genome data of Arabidopsis thaliana on NCBI
- ↑ Whole genome data of Plasmodium falciparum on NCBI
- ↑ Genome of Plasmodium falciparum. Mem Inst Oswaldo Cruz, 92(6): 835-841, 1997.>Full Article